Mayalama sıcaklığı da yoğurt üretiminde son derece önemlidir ve yaklaşık 43-45 derece olmalıdır. Yani yoğurt yapılacak süt kabı eli yakmayacak sıcaklıkta olmalıdır. Mayalanma süresi tam olmadan soğutulan yoğurtlarda pıhtı çok gevşek olmakta, mayalanma süresi geçince soğutulan yoğurtlarda asitliğin yükselmesi nedeniyle su salma meydana gelmektedir. Bu nedenle oda sıcaklığında 4-6 saat kadar mayalama süresi tamamlandığı anda yoğurt hemen buzdolabına alınmalıdır. Taze yoğurdun pıhtısı yumuşak olduğundan yapısının bozulmaması için buzdolabına nakledilirken mümkün olduğunca sarsılmaması gerekmektedir. Buzdolabında 1 gece bekletilen yoğurt tüketime hazır hale gelir ve mümkünse 10-15 gün içerisinde tüketilmelidir. Dikkat edilmesi gereken önemli bir hususta süt ısıtmada paslanmaz çelik kapların, soğutma ve buzdolabında bekletme sırasında da paslanmaz çelik, cam kavanoz veya gıdalar için kullanımına izin verilen plastik materyallerin kullanılması gerekliliğidir. Ayrıca, süt ve yoğurdun temas ettiği kapların da temiz ve kuru olması, çevreden yabancı madde bulaşmaması gerekmektedir.

Milli bir yiyeceğimiz olan yoğurdun dayanımı 15 gün gibi kısa bir süre olmaktadır. Hijyenik şartlarda üretilen yoğurtların bile buzdolabında en fazla üç hafta muhafaza edilebileceği belirtilmektedir. Ülkemiz şartları göz önüne alındığında, yoğurt üretiminin çoğunlukla teknolojik ve mikrobiyolojik yönlerden olumsuz ortamlarda yapıldığı bir gerçektir. Bu tür işletmelerde üretilen yoğurtların fizikokimyasal ve özellikle mikrobiyolojik özelliklerinde belirgin bir kaliteden söz etmek de imkansızdır. Mikrobiyolojik kalite ve özellikle de küf bulaşması, yoğurdun raf ömrünü etkileyen önemli faktörlerdendir. Bu nedenle, ürünün hijyenik kalitesi önem kazanmıştır. Ayrıca, depolama süresince yoğurdun fizikokimyasal özelliklerinde meydana gelen değişimler (içinde canlı halde bulunan laktik asit bakterilerinin faaliyetleri devam ettiği için) ürünün dayanım süresini sınırlandırmaktadır.